Проект Обитаемый остров в сущности повествует, о том, как прогрессивное человечество сталкивается лицом к лицу с собственным прошлым либо его двойником, и оно, прошлое, бьёт прогрессивное человечество по этому самому лицу ― симпатичному, с несходящей широченной улыбкой. Бьёт наотмашь, со всей привычной жестокостью.
Действие игры происходит в 2157 году. Исследователь космоса, молодой землянин Максим Каммерер, при попытке посадки на неизвестную планету терпит крушение. Сам Максим остается невредим, однако его корабль взрывается (в дальнейшем выясняется, что его уничтожили аборигены в рамках программы зачистки территории от опасных устройств и механизмов), отрезая ему тем самым дорогу обратно на Землю. Максим оказывается в лесу, атмосфера пригодна для дыхания.
Через некоторое время Максим встречает нескольких аборигенов (в том числе Зефа), которые приводят его в лагерь для заключённых, где Максима подвергают допросу. В результате, не получив от него ответов на вопросы и не поняв его языка, Максима направляют, в сопровождении гвардейца Гая Гаала, в некий научный центр, в котором его подвергают изучению (лишь значительно позже Максим понимает, что это была телестудия, копирующая его необычные ментаграммы (воспоминания), а не попытки установления Контакта). Затем Максима, уже понимающего несколько слов, забирает из центра какой-то человек (Фанк) и везёт в город. По дороге последнему становится плохо, его вытаскивают из машины и Максим оказывается предоставлен сам себе. После прогулки по городу, Максим заходит в закусочную, где встречает молодую девушку Раду Гаал, сестру Гая Гаала, и провожает её домой. По дороге на них нападают вооружённые бандиты. Используя сверхъестественные для обычных людей физические способности землян 2157 года, Максим легко справляется с бандитами, обратив в бегство двух и убив или тяжело ранив остальных.
В своём земном происхождении Максим никого убедить не может: из-за особенностей атмосферы и чудовищной рефракции поверхность планеты кажется вогнутой, и жители Саракша уверены, что живут на внутренней поверхности сферы, в единственном из существующих миров. Попытки Максима изложить настоящее положение вещей привели бы к тому, что его объявили сумасшедшим. Он говорит, что потерял память. Окружающие из-за его необычных физических способностей и слабого знания реалий быта Страны Отцов считают, что он либо дикарь (горец), либо мутант из далёких краёв. Они называют его «Мак Сим».
В это время его разыскивает Фанк по поручению Странника, очень влиятельного человека.
Гварддец
Дома у Рады Максим знакомится с её семьей и благодаря Гаю Гаалу попадает в гвардию на правах кандидата.
Максим знакомится с официальной доктриной, согласно которой подавляющему большинству населения, поддерживающему правителей страны — мудрых и справедливых «Неизвестных Отцов», сумевших прекратить гражданскую войну, противостоят «выродки» — жестокие маргиналы, пытающиеся уничтожить башни ПБЗ (противобаллистической защиты), подкупленные соседним государством Хонти. Выродков можно распознать по приступам головной боли.
На Максима производит впечатление искренний энтузиазм, с которым население поддерживает Неизвестных Отцов и гвардию, а Гай Гаал, его сестра и дядя вызывают симпатию. Максим участвует в операции по аресту выродков, а затем присутствует на допросе и вынесении приговоров. Против его ожидания, выродки оказываются обыкновенными убеждёнными, часто умными и смелыми людьми, суды над ними быстрыми (несколько минут), а приговоры — жестокими. Максим начинает сомневаться в официальной версии. Гвардейский ротмистр Чачу назначает Максиму «испытание кровью»: приказывает расстрелять пленных выродков. Вместо этого Максим отпускает их, после чего отказывается подчиняться ротмистру. Чачу расстреливает Максима, но тот выживает благодаря феноменальным способностям жителя Земли. Максим находит представителей подполья с целью узнать, что происходит на самом деле.
В это время Неизвестные Отцы, обеспокоенные экономической ситуацией в стране и распространением своего влияния за границы, решают вопрос о войне с Хонти, которую поддерживает Умник — Государственный прокурор.
Террорист
Подпольщики (все они — выродки) принимают Максима и рассказывают ему, что никаких баллистических ракет у соседних государств — Хонти и Пандеи — нет. Тем более их не может быть на южной границе: там пустыня, населённая умирающими мутантами. Реальное назначение башен, по словам выродков, испускать излучение, вызывающее головную боль у небольшой части населения с целью объявить их врагами. Уже 20 лет подпольщики пытаются их уничтожить.
Максим считает эту деятельность бессмысленной и вредной, но соглашается участвовать в операции. Максиму вместе с другими подпольщиками удаётся взорвать башню. При этом четверо подпольщиков гибнут. Операция оказывается ловушкой сил безопасности. Максиму удаётся скрыться, и он возвращается в квартиру Гая и Рады Гаал. Максим рассказывает им о том, что он узнал, но ни Гай, ни Рада не допускают мысли о том, что Неизвестные Отцы ошибаются или лгут. Гай считает, что выродки обвели Максима вокруг пальца.
Максима, Гая и Раду арестовывают. Максима и пойманных выродков посылают расчищать южные границы от старой военной техники и мин, уничтожать мутантов и строить сеть ПБЗ всё дальше на юг.
Узнав об этом, Странник просит у Государственного прокурора передать Максима ему. Прокурор соглашается, но изучив дело Мака Сима, и сам поразившись его физическими характеристиками (особенно невосприимчивостью к обоим видам излучений — белому и чёрному), приказывает немедленно доставить сосланного к себе, а Страннику сообщить о смерти Максима.
Каторжник
В лагере Максим попадает в отряд Зефа (выродка, известного ранее психиатра Аллу Зефа) и узнаёт от подпольщиков всю правду о башнях. Правда оказывается ужасной. Излучение Башен на самом деле постоянно оказывают гипнотическое воздействие на людей, заставляя их слепо верить правительственной пропаганде и выполнять приказы правителей. Дважды в день оно усиливается, вызывая у людей эйфорию и восторженное преклонение перед властями. Лишь малая часть населения, называемая выродками, не подвержена действию гипнотического излучения, однако при его усилении испытывает ужасные боли. Сами Неизвестные Отцы тоже являются выродками. «Иммунитет» к излучению дал им возможность захватить и на протяжении долгого времени удерживать власть над страной. Расплатой становятся те же самые страдания, которые испытывают все остальные выродки и от которых не могут спасти даже сильные обезболивающие средства. Основной целью части руководителей подполья провозглашается уничтожение системы ретранслирующих башен для избавления населения от оболванивания, и особенно уничтожение Центра — главного излучателя страны. Другие руководители подполья хотят захватить контроль над башнями для своих целей. Именно поэтому назначение башен скрывается не только властями, но и руководством подполья.
Будучи в лагере, и случайно обнаружив с Зефом Крепость (уже не работающий командный пункт управления военной техникой) Максим впервые встречает голованов — очень умных собак с большими головами. Голованы играют важную роль в других эпизодах Мира Полудня.
Максим решает бежать из лагеря. Территория не охраняется, но вокруг — радиация, поэтому заключённые бежать не могут. Максиму, однако, радиация не страшна (ещё одна феноменальная способность землян будущего). Он ремонтирует еще недавно автоматизированный танк и угоняет его (при этом Мака Сима объявляют погибшим). Совершив побег и подобрав по пути сосланного на границу Гая, Максим оказывается на юге в некогда цветущей части империи, а сейчас выжженной атомной войной пустыне, где живут люди-мутанты, страдающие от радиации и притесняемые со всех сторон гвардией и дикими людьми с юга. После выхода из зоны действия башен Максим рассказывает Гаю истинное положение вещей и убеждает его в своей правоте. Отсутствие гипнотического излучения пагубно сказывается на состоянии Гая — у него все проявления абстинентного синдрома.
Попытки Максима поднять восстание мутантов или убедить их вступить в союз с южными дикарями для нападения на Страну Отцов безуспешны: мутанты слабы физически и морально; всё, что им нужно — прожить ещё 10-20 лет. Он спорит с Колдуном (удивительно умным мутантом) о том, может ли один человек влиять на историю миллионов масс и возможно ли обществу достичь идеалов духовной и физической свободы.
После неудачи поднять восстание вождь мутантов (бывший полковник медицинской службы империи) дарит Максиму один из последних самолётов планеты — огромный бомбовоз. Максим решает заключить союз с Островной Империей — отдалённой страной с сильным флотом, чьи белые субмарины иногда нападают на Страну Отцов. Вместе с Гаем он летит туда. В полете Максим случайно попадает в зону действия башен и видит, что Гай по-прежнему поддаётся влиянию излучения, однако теперь его фанатичная преданность направлена уже на Максима лично. Самолёт сбивает оставшаяся со времён войны автоматическая система противовоздушной обороны. Максим догадывается, что, возможно, и его космический корабль сбила и взорвала она же. Максиму удаётся посадить сбитый самолёт в море на воду и спасти себя и Гая. У берега Максим и Гай находят полузатонувшую и заброшенную белую субмарину. С этого места и начитается альтернативная событиям книги (фильму) игра.